FK Vilnius Kvinner er et litauisk kvinnefotballag fra Vilnius. Laget ble grunnlagt i 2000 og spiller i det litauiske kvinnemesterskapet.

FK Vilnius Kvinner har vunnet det litauiske kvinnemesterskapet tre ganger, i 2002, 2003 og 2004. Laget har også vunnet den litauiske kvinnecupen én gang, i 2002.

I 2006 deltok FK Vilnius Kvinner i UEFA Women's Cup, men ble slått ut i første runde av sveitsiske FC Bühler.

Laget spiller sine hjemmekamper på Vilniaus LFF stadionas.